Tiga belas tahun sebelum cerita ini dimulai, seekor monster rubah ekor sembilan bernama Kyuubi menyerang Konoha, sebuah desa shinobi yang terletak di negara Api. Kekacauan terjadi di desa Konoha dan korban banyak berjatuhan….akhirnya ada seseorang yang berhasil menyegel Kyuubi itu ke tubuh Naruto, seseorang yang berhasil menyegel siluman rubah ekor itu dikenal sebagai Yondaime Hokage,Hokage ke 4 atau Namikaze Minato (isyunya, dia merupakan ayah dari Naruto karena kemiripannya). Begitu kuatnya Kyuubi sehingga penyegelan itu harus dibayar dengan kematian Yondaime Hokage sendiri.